A história se concentra na Guerra do Santo Graal e explora a relação entre Shirou Emiya e Sakura Matou, dois adolescentes participantes desse conflito. A história continua imediatamente a partir de Fate / stay night: Heaven’s Feel I. pressagia flor, seguindo Shirou enquanto ele continua a participar da Guerra do Santo Graal, mesmo depois de ser eliminado como mestre.