Quase duas décadas após a carnificina subaquática em Do Fundo do Mar (1999), a conservacionista de tubarões, Misty Calhoun, aceita o convite do bilionário farmacêutico Carl Durant para se juntar à sua equipe de biólogos marinhos no Complexo Akhelios: um sofisticado centro de pesquisa no meio de o oceano. Com a intenção de ter sucesso onde o ambicioso Projeto Aquatica falhou, em vez disso, Durant comete o mesmo erro e melhora geneticamente os cérebros de seus espécimes de tubarão-touro com uma fórmula altamente experimental, transformando-os em predadores mais espertos e mortais. Agora, uma delas está grávida. A equipe pode sobreviver ao ataque dos super-tubarões?